• Ilmu, Etika, dan Agama: Menyibak Tabir Alam, Manusia, dan Etika (2006), diterbitkan oleh CRCS-UGM.
  (Editor bersama Liek Wilardjo, Arqom Kuswanjono, Mohamad Yusuf)
• Integrasi Ilmu dan Agama: Interpretasi dan Aksi(2005), Penerbit Mizan.
  (Editor bersama Jarot Wahyudi dan Afnan Anshori)
• Science and Religion in the Post-colonial World: Interfaith Perspectives (2005), Australian Theological Press [ISBN: 192-0691-34-0].
  (Editor)
• The Problem of Definition in Islamic Logic: A Study of Abu Naja al-Farid's Kasr al-Mantiq in Comparison with Ibn Taimiyyah's Kitab al-Radd ‘ala al-Mantiqiyyin, International Institute of Islamic Thought and Civilization Press, Kuala Lumpur, 1998. (ISBN 983-9379-04-6)
  (Penulis)
  
  

“The Decline of Science in Islamic Civilization,” Religion and Science, A Journal published by State Islamic University Malang (Akan Terbit, December 2006).

“Beberapa Persoalan Etis di Sekitar Pencangkokan Organ dengan Ilustrasi Perspektif Islam”, Renai , Percik-Salatiga (September 2006).

“Theory of Relativity in Moritz Schlick's Philosophy,” Jurnal Waskita, UKSW Salatiga (January 2006).

“Reposisi Agama di Indonesia,” dalam Garin Nugroho, ed., Para Pemimpi Perubahan, Penerbit Sains-Teknologi-Estetika, Jakarta, 2004 (ditulis bersama Irwan Abdullah)

Resensi buku atas Bas van Fraassen, Empirical Stance (2002), dalam Philosophy of Science (Philosophy of Science Association, US): v. 71, n. 3, 2003 .

“Pluralisme Pemahaman dalam Wacana Sains dan Agama”, Relief – Journal of Religious Issues , vol. 1, no. 1 (2003).

“Iqbal's Method of Reconstruction: A Modernist Muslim's Answer to the Scientific Challenges of Early 20 th Century”, Iqbal Review (a journal of Islamic thoughts), Lahore, Pakistan, 1998.

“Sains dan Agama-Agama: Perbandingan Beberapa Tipologi Mutakhir”, dalam Ilmu, Etika, dan Agama: Menyibak Tabir Alam, Manusia, dan Etika (CRCS, 2006).

“Tuhan dan Alam yang ‘Tak Sempurna'”, Pengantar untuk terjemahan buku Cornelius G. Hunter, Darwin's God (2006), Penerbit Serambi, Jakarta .

“Islam, Science, and ‘Islamic Science': A Critical Survey of Muslims' responses to Modern Science,” dalam Science and Religion in the Post-colonial World: Interfaith Perspectives (2005), ATF Press, Australia .

“Memaknai Sains dalam Konteks Islam” (Pendahuluan untuk terjemahan buku karya Mehdi Golshani, Qur'an dan Filsafat Ilmu, Edisi Kedua, Penerbit Mizan, Januari 2003.

“Pergulatan Pemikiran Islam dan Ilmu Pengetahuan”, entri dalam Ensiklopedia Tematis Dunia Islam, Ikhtiar Baru-van Hoeve, Jakarta (September 2002).

“Riwayat Barbour, Riwayat Sains dan Agama” (Pendahuluan untuk buku karya Ian Barbour, Juru Bicara Tuhan) Penerbit Mizan, Agustus 2002.

“Merawat Bumi, Merevitalisasi Agama,” buletin Lingkungan Hidup , diterbitkan Kementrian Lingkungan Hidup, Yogyakarta, Desember 2006.

”Political Perspective of Inter-Religious Dialogue,” The Jakarta Post, April 5, 2006, p. 6.

“Teologi dan Etika Kehidupan dan Kematian: Tantangan Bioetis untuk Agama-agama,” Bentara, Kompas, Agustus 5, 2005.

“Menikmati Tonjokan Si “Tukang Pukul” Darwin : Pemikiran Richard Dawkins,” Koran Tempo ( Suplemen Ruang Baca ), 11 Oktober, 2003.

“Tuhan dalam Evolusi,” Koran Tempo , 11 Februari, 2002.

“Filsafat Perennial: Kembali ke Masa Depan – Gagasan Seyyed Hossein Nasr, Koran Tempo (Suplemen Ruang Baca ), 11 Februari, 2002.

“Interfaith Action for Peace and Security: Challenges and Opportunities,” This paper is presented at the the 3rd Asia Pacific Regional Interfaith Dialogue in Waitangi, New Zealand, May 2007.

“Agama dan Nalar Publik”, Seminar “Kebebasan Beragama di Indonesia: Nurcholish Madjid Memorial Lecture”, Lembaga Studi Agama dan Filsafat, diselenggarakan di Yogyakarta, 18 September 2006.

“Kebangkitan dan Kemunduran Sains dalam Peradaban Islam: Belajar dari Sejarah”, makalah untuk Seminar “Problem dan Faktor Pendorong Kemajuan dan Mundurnya Ilmu Pengetahuan dalam Islam”, diselenggarakan Center for Islamic and Philosophical Studies and Information (CIPSI), 6 September 2006.

“Persoalan- Persoalan Etis di Sekitar Pencangkokan Organ dengan Ilustrasi Perspektif Islam,” Seminar “Bioetika: Tantangan dan Permasalahannya”, diselenggarakan Listhia dan Percik, Salatiga, 12-13 April 2006.

“International Conference on Interfaith Dialogue and Cooperation”, Cebu, Filipina, Maret 2006, (salah satu wakil delegasi Indonesia, sponsor Departemen Luar Negeri Republik Indonesia

“The Roles of Religious Studies in Indonesian Religious Life”, presented at the International Workshop “Voices of Islam in Europe and Southeast Asia,” 20-22 January 2006, University of Walailak, Nakhon Si Thammarat, Thailand (co-written with Prof. Dr. Irwan Abdullah).

“Filsafat Islam”, Workshop History of Thought, USC-Satunama, Yogyakarta, 29 Juni 2006.

“Agama dan Lingkungan Hidup”, Diskusi Panel “Agama dan Lingkungan Hidup”, Vihara Solo, 23 Maret, 2006.

“Islam dan Tantangan Zaman”, Workshop History of Thought , USC-Satunama, Yogyakarta, 24 Februari 2006.

“The Evolution Controversy: From Fundamentalist American Christian to Indonesian Muslim Conservative Responses” (paper presented at the invitation by the Center for Southeast Asian Studies, University of Michigan, November 17, 2005)

“Pengilmuan Islam dan Integrasi Ilmu dengan Etika: Gagasan Kuntowijoyo,” dalam Diskusi Sehari tentang Pemikiran Kuntowijoyo, diselenggarakan Masyarakat Yogyakarta untuk Ilmu dan Agama (MYIA) dan Badan Koordinasi Mahasiswa Sejarah (BKMS) UGM, 26 Mei 2005, di UGM

“Dakwah sebagai Dialog dan Praksis”, makalah untuk Seminar “Cross-cultural Dakwah dan Multikulturalisme” ( Yogyakarta, 22 Maret 2005), diselenggarakan Laboratorium Dakwah Shalahuddin dan IMM UGM.

“Islam dan Sains Modern: Perspektif Muthahhari”, dalam seminar Teologi Islam dan Persoalan Kontemporer, diselenggarakan CRCS-UGM dan ICAS, Jakarta, 15 Mei 2004.

“Globalisasi: masalah Bersama dan Kerjasama Antar-Agama”, presentasi atas undangan Panitia Seminar “Globalisasi dan Tantangan Umat Beragama”, Ikatan mahasiswa Muhammadiyah, Sleman, DIY, 17 April 2004.

“Capra di antara Beberapa Arus “Integrasi Sains dan Agama”, makalah pada Seminar Pemikiran Frtijof Capra, UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta, 10 Februari 2004.

“Sains dan Agama: Perlukah diintegrasikan?”, Program Pembibitan Calon Dosen PTAI/IAIN Pasca PNS Tahun 2003, IAIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta 29 Juli 2003.

“Pengajaran Sains dan Agama: Persoalan, tantangan dan peluangnya”, makalah untuk Workshop Sains dan Agama, diselenggarakan CRCS-UGM, Yogyakarta-Jakarta-Malang-Padang, Mei-Agustus 2003.

“Islam and Science”, presentasi dalam International Conference on Religion and Science in the Post-colonial World, diselenggarakan CRCS-UGM dan John Templeton Foundation, Yogyakarta, 2-5 Januari 2003.

“Perkembangan Mutakhir Wacana Sains dan Agama”, dalam acara Diskusi dan Pemutaran Film “Sains dan Agama”, Teater Utan Kayu, Jakarta, 20 September 2002.

"Islamisasi sains atau Objektifikasi Islam?”, makalah untuk Seminar Epistemologi Islam, International Institute of Islamic Thought-Indonesia dan Universitas Paramadina, Jakarta, 15 Agustus 2002.